A história da cidade de Bombinhas começa com os índios, os primeiros habitantes do nosso país. Eles, que habitavam no litoral, pertenciam à nação tupi-guarani, sendo que na nossa região foram denominados de Carijós. Ditos habitantes deixaram marcas na história da região através de Sambaquis e registros rupestres (desenhos ou gravuras feitas em rochas).
Muito tempo depois, por volta de 1520, começaram a chegaram à região os primeiros colonizadores portugueses. Com o avanço das colônias espanholas em outros pontos da região, Portugal começou a preparar e enviar novas expedições com o intuito de garantir o domínio da região. O reino português tinha muito interesse pela “Enseada das Garoupas”, nome que era conhecida a região da península de Porto Belo.
Em 1711, Manoel Gonçalves de Aguiar recebeu a ordem de realizar uma expedição à Enseada das Garoupas a fim de constatar as riquezas ali existentes, bem como a possibilidade de estabelecer um povoado no local.
O resultado de dita ação foi negativo, concluindo sobre a impossibilidade de fundar um povoado na Enseada. Em uma época um tanto turbulenta, devido a crises econômicas e terremotos na Ilha dos Açores e da Madeira em Portugal, a Coroa Portuguesa determinou, em 1735, o envio de casais açorianos para o Brasil. Muitos destes casais acabaram na região que hoje compõe a cidade de Bombinhas!
Assim, a povoação da Enseada das Garoupas transformou-se em vila de Porto Belo. Em 29 de Agosto de 1895 foi então criado o município de Porto Belo, tendo sido extinto em 1923 e criado novamente em 1925.
Foi então que em 15 de março de 1992 o Distrito de Porto Belo se desmembrou, sendo criado o município de Bombinhas pela lei estadual de 30 de março de 1992.
Desde então, o município vem se destacando como os dos principais polos de turismo catarinense, sendo frequentado nas estações mais quentes do ano por milhares de turistas oriundos de São Paulo, Paraná, Rio Grande do Sul, do interior do estado de Santa Catarina e de países do ConeSul como Argentina, Uruguai e Paraguai.